San Fernando Cádiz no dispone de estación de autobuses central pero tiene la estación de autobuses locales en la Avda de la Marina,77. Por otra parte la empresa COMES, con sede en Cádiz, recoge a los pasajeros en las distintas paradas y SECORBUS que hace el itinerario de San Fernando a Madrid en la suya.
Por estar el centro de La Isla en obras por el tranvía, para su comunicación con Cádiz se han habilitado dos rutas diferentes. La M-010 que recorre el norte de la ciudad y cuya parada Almirante Laulhé está a cinco minutos de la estación de trenes de Bahía Sur. Las paradas son Apeadero FC-Hospital de San Carlos, Ruiz Marcet, Reyes Católicos, Parque Almirante Laulhé, Avda Almirante León Herrero, Avda Al-Andalus, Avda Pery Junquera. Trás recorrer San Fernando y todo Cádiz, llega a la Plaza de España por lo que pasa junto a la avenida, la estación de Cádiz y el puerto.
La otra ruta es la M-011 que recorre el sur de la ciudad y sus paradas son Avda San Juán Bosco, San Marcos, Manuel de Falla, San Onofre, Ronda del Estero y Avda de la Constitución. Estas dos rutas ofrecen trayectos en días laborables con intervalos de 20 a 30 minutos dependiendo de la hora del día. Los sábados laborables la frecuencia disminuye a cada hora los tempranos y cada 40 minutos el resto. Los domingos y festivos de 6 a 9 cada hora y después de las 9 cada 40 minutos. El último autobús es el de las 23:00 aunque en carnavales y ocasiones especiales hay servicio especiales.

En cuanto a los trayectos de autobús San Fernando - Chiclana, los organizan Belizón y Rodriguez y que hay una sóla línea de autobuses aunque con numerosos viajes que hace las siguientes paradas. Tres Caminos y C.C Bahía Sur, a 50 metros. Si salimos del Bahía paramos en Est.S.F Centro Hospital, Venta de Vargas y Polígono Tres Caminos.

El transporte local de San Fernando se compone de trés líneas que conectan los puntos más alejados como Gallineras, Barriada Bazán o Bahía Sur con el centro urbano.

En cuanto a los autobuses que van a Madrid por Sevilla salen de la Carretera de la Estación s/n, al lado de Autocares Rico, junto al puente de la entrada sur a San Fernando por la CA-33. Su precio suele ser de alrededor de 35 euros durando el trayecto 8 horas pero en autocares de gran comfort. Las salidas desde San Fernando son a las 08:00, 10:00, 14:00, 16:00, 22:00 y 23:00 y desde Madrid a la misma hora. Son horarios de verano hasta el 30/09 y hace paradas en Cádiz, El Puerto y Jerez.