San Fernando no tiene aeropuerto ni tampoco lo tiene la capital de la provincia, Cádiz, que se encuentra a escasos 14 kilómetros. Aun así, otras ciudades como Jerez de la Frontera y Sevilla sí lo tienen y se encuentran relativamente cercanas.

Aunque el Aeropuerto de Jerez de la Frontera se encuentra a unos 35 kilómetros de San Fernando, es decir una media hora de trayecto, no ofrece mucha oferta de vuelos, ya que casi todos son nacionales (Madrid, Barcelona, Palma de Mallorca), a excepción de Londres.

Para tener más opciones de vuelo y destinos, se encuentra el Aeropuerto Internacional de San Pablo, en Sevilla, a unos 130 kilómetros. En él dispondrá de una oferta mayor, tanto en vuelos nacionales (La Coruña, Alicante, Asturias, Barcelona, Bilbao, Gran Canaria, Madrid, Santander, Santiago de Compostela, Tenerife, Valencia...) como internacionales (Lisboa, Londres, Milán, Niederrhein, París, Roma...)

Otra posibilidad para viajar en avión es el Aeropuerto de Gibraltar, situado en la Bahía de Algeciras. Este está a escasos 135 kilómetros de la Isla de León y tiene vuelos directos con Madrid y algunas ciudades de Reino Unido.